Waifu Uncovered is een verticaal scrollende shooter waarin je met ruimtevaartuigen vreemde alien-infecties van de kleding van anime-achtige personages moet verwijderen… letterlijk. Elk level eindigt met een “redding” waarbij het personage stuk voor stuk hun kleding verliest. Naast unieke schepen biedt de game een “one-finger mode” voor een vereenvoudigde besturing en een modus om scènes volledig ongecensureerd te bekijken als je deze ontgrendeld hebt.

Speelmodi omvatten solo-actie en coöperatieve overleving voor twee spelers, met leaderboards voor hoge scores. De bevat eenvoudige maar solide shoot-'em-up gameplay, en een humoristische toon gericht op liefhebbers van ecchi-stijl fanservice. Het plezier is beperkt: de game is kort, repetitief en vooral bedoeld als snelle, luchtige afleiding. Niet geschikt voor spelers buiten de niche waarop deze game mikt.