Gun Gun Pixies is een third-person shooter met een humoristische en ondeugende insteek. Je speelt als twee miniatuurbuitenaardse meisjes, Bee-tan en Kame-pon, die naar de aarde komen om het gedrag van mensen te bestuderen. Hun missie brengt hen naar een slaapzaal vol vrouwelijke studenten, waar ze in het geheim informatie verzamelen zonder betrapt te worden.

De gameplay combineert stealth, platforming en schieten. Als piepkleine personages sluip je langs meubels, ontwijk je menselijke bewoners en gebruik je speciale “Happy Bullets” om emoties te beïnvloeden. De game valt op door zijn unieke perspectief, kleurrijke anime-stijl en mix van actie en ondeugende humor.