Het jaar is 1946 en de Nazi's staan op het punt om WW2 te winnen. In een poging om het tij te keren lanceren de geallieerden een operatie met in de hoofdrol B.J. Blazkowicz. B.J. moet op een gevaarlijke missie diep in Beieren.

In het eerste deel van de operatie zet Rudi Jäger en zijn Den of Wolves, B.J. tegenover een gruwel van een gevangenis bewaarder wanneer hij inbreekt bij kasteel Wolfenstein om zo de coördinaten te stelen van General Deathshead's locatie.

Het tweede deel van de missie plaatst B.J. op de zoektocht naar de coördinaten van de stad van Wulfburg, waar een gestoorde Nazi archeoloog aan het werk is om mysterieuze voorwerpen op te graven met gevaarlijke duistere krachten.